Youkoso Jitsuryoku Shijou Shugi no Kyoushitsu e: 2-nensei-hen ~ Saat Kiyotaka Ayanokouji dan teman-teman sekelasnya memulai kehidupan tahun kedua mereka, perubahan terlihat di mana-mana di seluruh Sekolah Menengah Pemeliharaan Lanjut Metropolitan Tokyo. Dengan tahun ketiga telah lulus dan tahun pertama yang masuk memasuki sekolah, aliansi berjalan dengan baik. Selain itu, sekarang Miyabi Nagumo adalah ketua OSIS, janji untuk mengubah sekolah menjadi meritokrasi mungkin menjadi kenyataan. Sementara itu, konflik antar kelas terus meningkat saat jumlah poin kelas semakin dekat. Dengan ujian khusus lain yang menanti di depan, akankah Ayanokouji tetap berada dalam bayang-bayang, atau akankah dia akhirnya menjadi sorotan dan membantu kelasnya naik ke Kelas A yang termasyhur?